Total Commander je nejznámějším dvoupanelovým správcem souborů ve Windows. Švýcar Christian Ghisler na něm začal pracovat již v roce 1992, když zjistil, že mu žádný jiný správce nevyhovuje. V Turbo Pascalu pak začal psát program, který 25. září 1993 veřejně vydal pod názvem Windows Commander. Určen byl pro 16bitový systém Windows 3.1x. Původně byl jen v němčině, v prosinci téhož roku vyšla verze 1.10 přidávající i angličtinu.
V prosinci 1996 vyšla první 32bitová edice Windows Commander 3.0, tu už Ghisler psal v Delphi. Říjen 2002 přinesl změnu názvu. Microsoftu se nelíbilo „Windows“, protože to mohlo mást uživatele. Ghistler proto vydal Total Commander 5.50.